入世十年来，我国农业应对了许多现实的挑战，积累了一些实战经验。但我们要看到，对于入世这件大事来说，十年时间还是太短，我们仍然处于一个过渡时期，许多问题还处于潜伏状态，可以说还没有完全暴露出来。在经济全球化和区域经济一体化的大背景、大趋势下，我国农业对外开放仍将保持较快的步伐，农业发展还将面临更多的新挑战。
　　一是我国农业小规模生产特性难以改变，与主要农产品出口国的竞争力差距将长期存在甚至可能扩大。目前我国农户户均耕地规模仅0.5公顷，相当于欧盟的1/40，美国的1/400。即使在一定时间内将现有一半农村人口转移出去，农业经营规模仍然不大。此外，国内农业面临的耕地、淡水等资源约束越来越大，劳动力、土地等生产成本越来越高，这些都将可能进一步削弱我国农业的基础竞争能力。
　　二是在我国大幅开放农产品市场的同时，国际农产品市场的高保护和高扭曲依然存在。目前我国正积极参与WTO多哈回合农业谈判和多个自贸区农业谈判，我国农产品市场面临进一步开放压力。同时，国际市场上大量农产品仍保持高关税、高补贴，动植物检验检疫措施（SPS）和技术性贸易壁垒（TBT）数量不断增加、标准不断提高、程序越来越复杂。一些国家还将贸易壁垒延伸到低碳、汇率、知识产权等领域。
　　三是非传统因素对农业影响增强，农产品市场波动愈加频繁和剧烈。受气候变化、生物质能源、投机资本等非传统因素的影响，未来国际农产品市场的变数和不确定性越来越大。目前全球大约15%的玉米、10%的甘蔗被用于液态生物燃料的生产。2010年仅美国生产乙醇就消耗玉米1.28亿吨，而世界玉米贸易总量不足1亿吨。发展生物质能源增加了对农产品的非传统需求，打通了农产品市场与能源市场的价格通道，使石油市场的波动更加直接传递到农产品市场。
　　四是跨国公司对全球农业供应链的掌控越来越强，小规模农业的产业发展受到制约。近年来，发达国家依托其跨国公司，进一步强化全球粮源、物流、贸易、加工、销售“全产业链”布局，对资源性、战略性重要农产品市场的掌控力度加大。国际资本也通过并购、参股等形式进入我国农业，并将触角从加工领域延伸到粮食收购、批发流通甚至是种养环节。
　　五是粮食和农业越来越成为国际关注的焦点，全球农业资源争夺日趋激烈。严峻的粮食安全形势使粮食和农业问题日益成为大国间角力的关键议题。一些发达国家加快推进符合自身利益的全球农业战略，把中国作为其开拓市场、转嫁危机和责任的目标，称中国人“吃高了世界粮价”，制造中国威胁论。在世贸多哈回合、双边自贸区等贸易谈判中，要求中国承担更多更大的责任和义务。