2011年是日本农业政策发生根本动摇的一年。3月11日大地震、海啸和核电站事故沉重打击了粮食主产地之一的日本东北地区，是否加入跨太平洋战略经济伙伴协定（TPP）谈判造成了农业改革方向的严重分歧，农业政策走到十字路口。
　　一月
　　14日，菅直人内阁重组，鹿野道彦农水大臣留任。
　　二月
　　1日，联合国确定“2011国际合作社年”主题为“合作社，让世界更美好”。
　　5日，国际动物卫生组织宣布日本恢复“无口蹄疫国”。
　　22日，农户按户收入补贴制度根据2010年米价情况确定水稻农户补贴标准为15.1万日元/公顷。
　　三月
　　11日，日本东北地区发生9.0级地震，引发超过10米的海啸，岩手、宫城、福岛地区遭受毁灭性打击，福岛第一核电站发生氢气爆炸。
　　25日，农水省将加工原料奶补贴单价11.85日元/公斤提高到11.95日元/公斤。
　　四月
　　4日，厚生劳动省医药食品卫生审议会决定维持原有的放射性物质暂定标准值。
　　8日，受福岛核电站事故影响，农水省制订水田土壤放射性物质检出标准，当浓度超过5000贝克勒尔/公斤时禁止种植水稻。
　　28日，文部科学省原子能损害纠纷审查会制订第一次赔偿方针，政府补偿核污染农产品的所有损失。
　　五月
　　14日，农水省公布2010年实施“农户收入补偿制度”的补贴面积，其中水田试验面积为1019476公顷，利用闲置水田提高粮食自给率的面积为609427公顷。
　　31日，文部科学省原子能损害纠纷审查会制订第二次赔偿方针，将政府补偿范围扩大到核辐射影响导致滞销或价格暴跌农产品。
　　六月
　　20日，日本国会通过《灾后复兴基本法》，制订灾后重建的基本理念和框架。
　　七月
　　1日，农水省批准东京谷物商品交易所和关西商品交易所进行大米期货贸易的申请，认定通过引入“农户收入补偿制度”，扩大了生产调整的选择性，大米期货贸易不会给“生产、流通造成明显壁垒”。1939年日本实施战时经济管制停止大米期货交易，71年后的首次重开。
　　八月
　　3日，农水省公布大米放射性物质调查结果，并制订了大米上市的限制规则，以市町村为单位在水稻收割前后作2次放射性物质检查。
　　5日，原子能损害纠纷审查会初步掌握福岛第一核电站爆炸事故的灾害损失，制订《赔偿中期方针》，将福岛等17个地区养殖的肉牛列入政府补偿范围。