同时，目前中国有机农业，由于成本过高，很多有机农场并没有完全遵守严格的种植要求，一些有机蔬菜基地在各环节上会耍花样。比如，有些有机农场，向菜地里撒农药化肥。此外，有机认证环节，国家每年都对认证机构进行考核。但是近期有媒体曝出，这种认证也使得有机食品的真假有了可“活动”的空间，现在社会上花费一两万元便可以得到有机食品的认证标志，有机食品认证机构的水平仍然参差不齐。
　　是否更营养有待考证
　　从有机农业的理念上来讲，欧盟最早开始提出的初衷是从环境、生态、可持续发展的角度，而不是现在更多提到的食品安全的角度。有机食品与非有机食品的主要差别也并不是体现在营养成分差异。其实有机蔬菜和普通蔬菜的区别是在栽培方法上，它们最大的不同就是有机蔬菜使用自然肥料，在一定程度上减少对环境的污染以及土地的浪费。但是从安全和营养方面上看，它和普通蔬菜没有很大区别。
　　从营养方面来说，有机食品是否“更营养”的问题就一直争论激烈。许多关于有机农业的研究也致力于比较有机产品和常规产品的差异，不过一直也没有令人信服的证据。美国农业部一直公开申明，不对有机产品是否更有营养和更安全发表评论，也不允许宣传有机产品对常规产品的优势。
　　科学家认为：有机食品同传统食品相比，两者的具体差异实际上是体现在微营养素上，例如铜元素、铁元素、锰元素以及叶酸。不过，目前的研究结果却出现了很大分歧。有调查发现，实际上以有机农业生产出的食品同以传统方式生产出的食品相比，两者营养差别并不大。 2009年，《美国临床营养学杂志》（American JournalofClinicalNutri－tion）曾刊登的一篇研究报告称，有机食品同以传统方式生产出的食品相比，两者只是在三类维他命的含量上不同，而其他食品成分则完全一样。此外，即使在这三类维他命的含量上，以传统方式生产出的食品也有一种维他命含量要高于有机食品。
　　虫眼蔬菜并非未用农药
　　对于很多消费者喜欢购买有虫眼的绿叶菜，有人认为这样的蔬菜肯定没有打农药。专家指出：有没有虫眼不是衡量是否用了农药的标准。因为消费者买了有虫眼的蔬菜水果后，基本上在菜里没有发现过虫子，菜农不会人工捉虫，因此，一般都是发生虫害后被农药给除掉了。而且，有虫眼的蔬菜水果被农药杀掉的是成虫，而无虫眼被杀掉的是幼虫或虫卵。还要注意的是，成虫的抵抗力显然大于幼虫，所以农药的使用量可能会更高。而且成虫的出现时间肯定晚于幼虫，因此有虫眼的蔬菜施药时间离收获更近，农药反而分解少、残留高。