风险
　　源自鱼池而非鱼
　　事实上，淡红墨头鱼没有牙齿，并且仅以死皮为食，它们不可能直接造成人体伤口。就算假定这种小鱼真的能造成创口，创口又真的有体液渗出，这些体液在浴池中经过大量的池水稀释，病毒经过漫长的旅程找到另一位具有伤口的宿主，并造成其感染，机会也相当微小。因此英国卫生防护局的报道里提到，温泉鱼疗传播艾滋病、乙肝的风险无法绝对排除。但至今尚未有一例因此感染的案例被报道。
　　我们更应该从公共卫生的角度考虑，担心一下鱼疗潜在性的细菌和寄生虫的感染风险。盛载小鱼的鱼池，水温一般和体温相近，小鱼在池中解决吃和排泄，若没有妥善的处理，鱼池可能成为是绝佳的病原体繁殖的环境。因此这里更容易出现比较常见或高危感染的包括由于感染海分歧杆菌造成泳池肉芽肿（或称鱼缸肉芽肿）、感染绿脓杆菌造成毛囊炎、湿疹等感染。但英防护局指出，这样的传播可能是通过淡红墨头鱼，亦可能是通过浴池地板的接触传播，或通过浴池水直接传播。
　　《健康指南》建议，作为一家合格的温泉浴场，通过以下五个方法可以保证鱼疗在较为安全的方式下进行：1、化学消毒；2、高密度UV紫外线灭菌；3、过滤；4、水温控制；5、换水。另外，具体的操作其实应该还包括进口可靠供应商的鱼苗，如在欧洲，就由统一的机构为所有鱼疗服务提供可靠的淡红墨头鱼鱼苗。用于治疗的小鱼应该在5至10厘米大小（1到1.5岁）左右。为确保小鱼不会过度饥饿导致人体损伤，还应保持一定的鱼饲料投放量。
　　另外，区别于国内常见的那种大池养育温泉小鱼的方式，国外的那些较为正规的鱼疗服务，特设有治疗浴缸，每个浴缸容量约为1100升，使用时注入约80%的温水，根据病人皮损的大小和严重程度，放入250至400条小鱼。治疗浴缸中的水应该得到专业的过滤和紫外线消毒，同时应保证含氧丰富，以维持小鱼的生存。为确保水的清洁，每天置换的水量应该是浴缸水的3到4倍之间。另外，应配备温度控制的相应措施，《健康指南》还建议每天对鱼疗使用的水缸单独加温至70℃并保持一小时，这样对一些病原体有较好的灭活作用。平时使用时，可将水缸的水温保持在36℃至37℃。每个患者使用一个独立的浴缸，以免造成交叉感染。为确保不会有任何潜在的人畜共患病感染的风险，常见的可能造成感染的细菌应每周检测一次，如军团菌、绿脓杆菌、嗜水气单胞菌、温和气单胞菌、豚鼠气单胞菌、海水分枝杆菌和鱼分枝杆菌等。