袁隆平等人后来发展出的两系法，则来自田间。1973年，湖北省的农业技术员石明松在田里发现了一种很特别的雄性不育株。它们在夏天时是雄性不育的，到了秋天就变得正常了。经过鉴定，这种水稻属于光敏不育型。
　　在夏天，这种水稻不育的时候，可以用其他水稻（也就是“恢复系”）给它授粉，生产杂交稻种子。到了秋天，它恢复正常了，可以自己繁殖，生产出下一代的不育系。这样，只需要两系就可以实现杂交水稻的生产了。说起来容易，做起来很难，两系杂交稻经过9年努力才在1995年取得成功。
　　超级稻后来居上
　　讲起杂交水稻，袁隆平就神采飞扬。中国的超级稻计划开始于1996年，到2000年就实现了第一期目标。“日本是个先进国家，它的水稻面积大概是2500万亩，平均产量是450公斤，我们的第一期超级稻是550公斤，也有2000万亩。“印度的产量不到300公斤。”
　　到了2005年，第二期的目标就实现了，达到了800公斤。袁隆平计算出中国种植的杂交稻可以多养活7000万人口。现在世界上水稻的面积大概有22亿多亩，如果拿一半种上杂交稻，可以多养活4—5亿人口。
　　2004年两会期间，袁隆平提出要进行第三期超级杂交稻的攻关，指标是大面积亩产900公斤。
　　他们利用分子生物学技术，将野生稻里的两个增产基因导入到栽培稻里；将长势凶猛的稗草的DNA导入，以提高水稻的长势；还跟香港中文大学合作，把C4植物的4个关键酶基因转到了超级杂交稻亲本里去。“植物可以分为两类，一类是C4植物，一类是C3植物。水稻、小麦属于C3植物，玉米、高粱、甘蔗属于C4植物，C4植物的光合效率比C3植物高30%—50%。”
　　“我们花了7年时间，最后完成了第三期的目标。今年实现了108亩平均产量达到了900公斤以上。”袁隆平说，“大面积推广，一般是打八折，大部分可以搞到700公斤，这不得了。”
　　日本1981年启动杂交水稻研究计划，1989年国际水稻研究所也立下了超级稻项目，但它们亩产800多公斤的目标至今都没有实现。“所以说我们在杂交水稻方面是远远领先于世界的。”袁隆平说。
　　袁隆平的第三期超级稻使用了特殊的肥料。“这种肥料富含多种元素，有纳米技术在里面。一般的氮肥利用率只有30%左右，而这个肥料利用率达到了50%左右。”袁隆平说。