如卖方交易商申请商品棉交割并形成了卖邀约，且已经在库进行了公证检验，但最终因公检结果不符合集中交割要求等原因而造成其需要对相应部分棉花撤销交割，则卖方除承担正常交割时作为卖方需支付给指定交割仓库的定额包干费用外，还需承担原应由买方承担、现不能参与交割部分棉花的60元/吨交割定额包干费，具体由交易市场代收代付，即交易市场从卖方交易商保证金账户中扣划，统一支付给新疆指定交割仓库。在支付仓库定额包干费及交割定额包干费的基础上，卖方可以针对该部分棉花提交《发运申请单》，指定交割仓库将视同参与交割棉花保证发运。如
　　通过网上超市或协商交易等方式在新疆指定交割仓库交割的新疆棉，如即使未通过交易市场申请公检，有关费用标准仍按仓库定额包干费及交割定额包干费210元/吨执行。
　　交割商品棉的最终提货货权人如委托新疆交割仓库发运，在发车过程中，提货货权人需按新疆交割仓库公开的标准支付装车辅助费用，具体标准通过交易市场网站指定交割仓库专栏的对应交割仓库费用标准中发布。铁路运费由发货人货权人按铁路局运费标准直接支付给新疆交割仓库，运费发票、领货凭证以及装车辅助费等发票由新疆交割仓库转交提货货权人。
　　在棉花入库、保管以及出库过程中发生的临时费用，如超常散包、炸包复包费、混批棉花整理费等，由交易商与新疆交割仓库协商解决并报交易市场备案。
　　五、在新疆交割仓库交割的新疆棉升贴水标准
　　交易市场以从新疆交割仓库至计价基准仓库铁路货运站（南京北站）之间的实际运价为基础制订新疆棉在新疆交割仓库交割的升贴水标准，并于每个交易品种推出之日通过交易市场及中国棉花信息网网站公布。新疆棉在新疆交割仓库进行交割时，《全国棉花交易市场商品棉交割办法（2011年度版）》第四十五条针对新疆棉所规定的200元/吨的升水标准不变。
　　六、新疆棉可在新疆交割仓库用于交割的期限规定
　　鉴于出疆棉铁路运输移库费用补贴审核时限定新疆当年生产的棉花必须于下一年8月底前完成装车，否则不予补贴，为此，卖方将新疆当年生产的棉花只能用于下一年7月及以前月份的交易品种的交割。否则，卖方须承担500元/吨的铁路运费补贴。
　　七、位于甘肃省内的指定交割仓库的棉花的交割
　　在甘肃酒泉敦煌种业(600354,股吧)农产品仓储有限公司进行商品棉交割时，有关业务流程、运输安排、收费标准等参照以上规定执行。