在2009年，农业部已先后批准了转基因棉花、大豆、玉米、油菜4种作物的进口安全证书，作为加工原料。
　　目前，在我国食品市场上，最常见的转基因食品是转基因大豆油。转基因大豆进入中国后，大部分流入外资背景的食用油加工企业。
　　大豆油市场已然沦陷，现在，反转基因人士能做的，是阻止转基因技术应用于主粮之上。但令反转基因人士失望的是，在湖北、湖南和江西等省份转基因水稻早已被种植。
　　早在2005年，绿色和平就在湖北发现有大规模非法转基因水稻种植。而几乎在此同时，他们还在在武汉、广州市场发现转基因大米流入市场。
　　方立峰向时代周报记者透露：“当时，我们是通过新闻了解到一些信息。我们去了武汉的种子市场，通过取样，送往第三方实验室的检测、通过对农民的访谈、种子站的访谈，得知他们种植的是抗虫转基因水稻，但没有标明是转基因成分。”
　　无序状态隐忧
　　方立峰的观点是，虽然目前对转基因食品的长期安全性还没有定论，但一些实验曾拿转基因玉米来喂实验鼠，结果老鼠会出现一些免疫系统，或肝脏、肾脏会有异常或不良反应。
　　“这敲响了食品安全的警钟，转基因食品很可能有这些风险。”方立峰说，“一直以来我们就呼吁：转基因食品不应该大规模商业种植。”
　　不过，在中国农科院生物技术研究中心的转基因科技专家刘德虎看来，现在社会上的反对声音主要是对这个不了解。
　　“你对一个领域内最好不要发表专业的看法，那样会让人觉得很可笑，很无知。”他直言不讳地批评说：“转基因不是创造新的物种，以前是不可控制的，现在是可以控制的。”
　　在争议声此起彼伏的2009年，农业部农业转基因生物安全管理办公室批准发放两种转基因抗虫水稻和一种转植酸酶基因玉米的生产应用安全证书，有限期至2014年8月17日。
　　从当时公布的清单看，转基因水稻的研发者是华中农业大学生科院院长张启发。
　　2010年1月6日，在回应转基因水稻安全性争议时，张启发曾说转基因农作物在全球大面积种植已有14年之久，至今还没有关于转基因食品不安全的任何证据。“成人每天吃500克转基因大米，连吃657年也不会出现问题。”他说。