番茄扦插育苗是利用番茄成株上的侧枝进行无性繁殖的一种育苗方式。将番茄的侧枝从植株上剪取下来，插入到营养土或基质中也可浸泡在水中，等到生根成苗后就可栽种，使之成为独立的新植株。通过将番茄侧枝浸泡在水中培育成秧苗的方法，也称之为水插法。番茄扦插属无性繁殖可较好保持品种特性；育苗时间短，一般15~20天，而且结果早，番茄的扦插苗一般从第三节开始就出现花穗，而种子苗需要在6～8节才出现花穗；利用扦插苗还可以节约种子成本，大大节约育苗费用。但因扦插苗结果较早，对营养生长抑制较大，生理年龄已比较大，根系为不定根，导致植株生长势较弱，植株容易早衰，栽培中要加强管理，注意前期补充养分。
　　1、扦插时间
　　扦插育苗的时间根据不同的栽培季节而定。以长江流域为例，一般春季晚熟栽培，可于3月底至4月份上旬扦插；露地栽培，可于4月底至5月上旬扦插；大棚秋延迟栽培，可在6月底至7月初扦插，最迟在8月上旬扦插；有日光温室可越冬茬栽培的于8月份开始扦插。
　　2、扦插方法的选择
　　从整体上来讲，只要温度和湿度等环境能满足生根条件，扦插随时都可以进行。但是由于不同地区和季节的环境不同，以及育苗设施的不同，可根据具体情况选择用营养土扦插或者水插的方法来进行育苗。以长江流域为例，春季和晚秋季节扦插一般采用营养土扦插的方法，尤其在4~5月份扦插的成活率很高；在夏季7~8月份正处于高温高湿的季节，苗棚如果没有很好的降温设施，即使覆盖遮阳网，采用营养土扦插的方法也容易引起茎杆的腐烂，导致育苗的失败。这种情况下可以采用室内水插的方法，一方面在室内可以较好的控制温度，另一方面水插法很省地方，在室内更加容易管理。待枝条长出根后，及时进行移栽。
　　3、扦插枝条的选择
　　从生长势强、抗病力强的品种植株上选取扦插枝，选择无病、茎杆粗壮、叶色深绿、节间短、长15～20 cm、具有4～5节、生长点完好、带花蕾但未开花的侧枝作扦插枝。枝条过长过嫩，已经开花，会影响扦插成活率并影响第一穗花的坐果。
　　4、修剪枝条
　　侧枝选好后将侧枝从基部掰下，将较大的叶片切除50 %~75 %保留中上部3~4片叶即可；由于番茄的节位处最容易生根，切除侧枝第一节位下部的茎杆，这样在扦插的时候让尽可能多的节位插入到营养土中促进生根。