但计划赶不上变化，第一次专家会议不但未凝聚共识，正反意见开始对立；当局的沉默，凸显了反对声浪的音量，在野党通过舆论推波助澜，地方势力也向“立委”施压，情势渐渐一面倒。
　　当时即有幕僚向马建议，应尽速提出对策，避免情况恶化，但马仍希望“尊重专业”，按兵不动，并坚持让这个议题，由“行政院”主导处理。
　　3月1日美国无预警宣布商务部次长因“突发状况”延期访台，台外事部门通过管道确认，这就是美方给的第一个“警讯”。3月2日“立法院”付委的版本，包括党籍“立委”所提都是要求“零检出”，马发现大势不妙，决定亲自出手。
　　3月2日晚间马举行“国安会议”，要求行政部门快马加鞭，改变原本“顺势而为、以拖待变”战略。到了3日，“农委会”专家会议举行后，4日上午立刻举行第二次“国安会议”，马在会中指出，既然专业结论已出，当局不能回避，“行政院”要马上拿出具体对策。
　　4日会议进行3小时，敲定朝“有条件开放”前进，并订下“安全”、“标示”、“不开放猪”和“不碰内脏”四大原则。“行政院”挑灯夜战，5日上午陈冲向马面报“十六字”原则获拍板，当晚就发布新闻稿。由马一手主导的新美牛攻防战，正式启动。
　　台媒观察：利益与民意大战这才开始
　　经过两次“国安会议”，台当局终于对美牛问题表态，十六字箴言穿说了就是“有条件开放”，接下来就看美牛攻防策略能否如“国光石化”和老农津贴般，化险为夷。
　　美牛问题表面上是食品安全议题，背后牵动的却是台湾的对外关系和全球经贸布局。美国是台湾主要贸易伙伴，双边的贸易暨投资架构协定（TIFA），除了可观的经济效益，因经贸结合的紧密互动。
　　台湾在国际社会中的最主要的经贸对手韩国，已与大陆展开洽谈自由贸易协定（FTA）的程序，美韩FTA又将于3月中旬生效，台湾即将面临最严峻的挑战；产业界心知肚明，台湾再不急起直追，5年内将完全丧失与韩国竞争的能力。
　　在综观全局、权衡利弊的考量下，当局开放美牛，是依据比较利益法则所做成的理性决策，也是台湾为求生存的不得不然。
　　原本再清楚不过的棋，却被马当局下得荒腔走板。两年多前的美牛风暴，让当局闻“牛”色变，没有政务官想碰美牛，深怕引火上身；反正好官我自为之，以拖待变才是真正的安全牌，将烫手山芋留到下任再处理。