目前人工养殖黄鳝常见的疾病有水霉病、细菌性腐皮病、赤皮病、出血病、肠炎病、毛细线虫病、隐鞭虫病、萎瘪病、锥体虫病、棘头虫病、水蛭病等。黄鳝发病之初往往难以发觉，一旦发病症状明显，再进行治疗不但操作麻烦，而且会给养殖生产带来一定的经济损失。故人工养殖黄鳝必须按“全面预防，积极治疗”的方针，采取“无病先防，有病早治，防重于治”。在实际操作中要把好“三关”：其一是把好环境关；其二是把好消毒关；其三是把好管理关。下面将常见病的防治介绍如下：
　　肠炎病防治
　　加强饲养管理，按“四定”投饵，不投喂腐败变质饲料，防止饥饱无度。定期用15克/立方米～20克/立方米生石灰或1克/立方米～2克/立方米漂白粉全池泼洒消毒。每50千克病缮用大蒜头500克、食盐250克捣烂拌饵投喂，连用3天～6天。
　　腐皮病防治
　　鳝鱼池用生石灰彻底消毒，消灭病原体。保持水质清新，定期用1克/立方米～1.2克/立方米的漂白粉或15克/立方米～20克/立方米生石灰全池泼洒消毒。在鳝鱼池里放养几只蟾蜍（俗称癞蛤蟆），已发病的鳝鱼池，可用1只～2只蟾蜍，将头皮剥开，系于绳上，在池中往返拖几次，2日～3日即有明显好转。
　　赤皮病防治
　　捕捞、运输、放养操作细致，尽量避免鱼体受伤。定期换水、消毒，保持水质清新。用1克/立方米～1.2克/立方米漂白粉泼洒，连用3天。用金霉素每毫升0.25个单位浸浴病鳝。
　　萎瘪病防治
　　同一鳝鱼池规格整齐，防止争食。放养密度适宜，密度过大，应及时分池。饲料要求营养全面、丰富，投均匀，满足鳝鱼摄食生长。
　　水霉病防治
　　鳝鱼池用生石灰彻底清塘消毒。捕捞、运输、放养操作细致，尽可能避免鱼体受伤。用30克/升～50克/升的食盐水或10毫克/升的高锰酸钾浸浴患病鳝鱼5分钟～10分钟。
　　毛细线虫病防治
　　用生石灰彻底清塘，杀死虫卵。每50千克鳝鱼用90%晶体敌百虫5克～7.5克拌饵投喂，每天1次，连用6天。用贯众、荆芥、苏梗、苦楝树根皮（16∶5∶3∶5）中草药合剂，按每50千克鳝鱼用药290克，加3倍的水煎煮至原水量的1/1，取药汁拌饵投喂，每天1次，连续用药6天。