严重污染会导致鱼类减少，然而“水至清也无鱼”，日本濑户内海的渔民越来越感受到了这一点。随着濑户内海一带治污措施不断加强，水中的氮、磷等浮游植物生长所需营养物质大幅度减少，不少人怀疑，这是导致以浮游植物为食的鱼类和贝类减少的主因。不过，目前这一怀疑尚无定论。
　　濑户内海是日本本州、四国和九州包围的内海。日本农林水产方面的统计数据显示，濑户内海水产品的捕获量1982年达到最高峰的46万吨，之后呈整体下降趋势，2010年只有17.5万吨。
　　收入的减少使渔民不得不推迟船只和设备的更新，一些年轻人夜间出去打工以弥补捕鱼收入的下降。大阪府渔业协会联合会会长松林升忧虑地说，照此下去濑户内海的渔业有可能消亡。
　　就鱼类等水产品减少的原因，兵库县立农林水产技术综合中心的专家反田实指出，这可能是海水中含氮和磷等营养元素的化合物减少，海洋不断“贫营养化”造成的。
　　在日本经济高速发展时期，工业废水和生活污水的排放使濑户内海的富营养化不断加剧，赤潮频发。为此，日本于1979年开始施行《濑户内海环境保护特别措施法》，推进对工厂排水的限制和下水道管网的完善，2001年又针对氮、磷总量制定了限制。
　　随着治理污水力度不断加大，濑户内海2011年每升海水中氮元素的含量下降到0.14毫克，不到1983年时0.34毫克的一半。海水透明度得到大幅提升，连靠近日本三大工业地带之一阪神工业地带的大阪湾，海水透明度也从3米增加到了6米。
　　虽然尚没有官方结论表明海水过分干净和水产品产量下降之间存在直接的因果关系，但是水产品捕获量下降确实是与水质的改善同步发生的。另外，兵库县、冈山县和大分县近海养殖的藻类也因为缺乏氮元素而变黄。
　　目前日本有关部门已着手就相关情况展开调查，希望找到濑户内海渔业萧条的原因。

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